亲子鉴定不可以直接鉴定隔代亲缘关系，但可以通过亲缘鉴定来确定隔代亲属之间的亲缘关系，比如祖孙关系。
亲缘鉴定主要通过分析常染色体
STR 标记、Y 染色体遗传标记或 X 染色体遗传标记完成，具体选择取决于亲属关系和检测目的。如果是祖父和孙子的关系鉴定，可通过 Y 染色体
STR 分型进行鉴定，因为男性 Y 染色体呈父系稳定遗传，祖父、父亲、孙子的 Y-STR
基因座高度一致，该方法适用于验证父系血缘关系，检测准确率可达 99.99%。如果是祖母和孙女的关系鉴定，则可通过 X 染色体 STR
分析或线粒体 DNA 检测来确认关系。此外，通过分析常染色体上 15-20 个 STR
位点，计算祖孙间的亲缘关系指数，也可以鉴定祖孙关系，该方法适用于所有性别组合，但检测成本较高，且因基因重组可能降低匹配度。
隔代亲缘关系鉴定的准确率通常比父母与子女的直接亲子鉴定低，一般在 90%-99.9% 之间，且受检测组合、技术方法及样本质量等因素影响。