胎儿亲子鉴定的风险因检测技术类型和操作方式不同而存在差异，主要分为有创检测和无创检测两类，风险程度差异显著。
传统有创胎儿亲子鉴定包括绒毛穿刺和羊水穿刺，需通过穿刺手术获取胎儿样本，存在明确操作风险。绒毛穿刺在孕 10-13 周 + 6 天进行，通过超声引导经腹或阴道取绒毛组织，流产风险约 0.5%-1%，感染风险约0.1%-0.3%，还可能出现胎儿损伤、出血等并发症。羊水穿刺在孕 16-22 周实施，经腹穿刺取羊水，流产风险较低，约 0.2%-0.5%，感染和羊水渗漏风险虽低，但仍可能影响胎儿发育，极少数情况会发生胎儿损伤。
无创胎儿亲子鉴定通过采集孕妇外周血检测，无需穿刺，风险极低。其原理是提取母血中胎儿游离 DNA 与疑似父亲样本比对，准确率达 99.99% 以上。该方式仅需常规抽血，无创伤性，避免了有创操作的流产、感染风险，对孕妇和胎儿无直接危害。仅极少数情况因胎儿游离 DNA 浓度不足导致检测失败，或因孕妇染色体异常、近期输血等影响准确性。
综上，有创检测存在明确风险，需严格评估；无创检测性高，为优先选择。建议在正规机构进行，术前与医生充分沟通。