在整理文书档案时，分类和归类是不可或缺的环节。分类主要依据年度、机构或问题、保管期限三个因素，形成不同的分类方案。而归类则是在确定文件材料属于归档范围并判定保管期限后，将其放置到相应位置的过程。
在文书档案管理的整理环节中，关键步骤涵盖四大方面。首要步骤是科学分类，依据文件的时间顺序、来源、内容及形式等维度，确保文件归档的有序性。其次，进行立卷处理，需细致考量文件的问题特性、时间标记、名称、作者、通信信息及地域属性，以形成逻辑清晰的案卷。接着，合理排列案卷，依据工作关联性或主题内容，使案卷间的联系更加紧密。后，实施编目工作，通过编制综合目录或按类别、保管期限划分的分册目录，实现档案的检索与利用。这些步骤共同构成了文书档案整理工作的核心框架。
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