怀孕初期（孕 6-12 周）和中期（孕 13-24 周）的亲子鉴定，在技术选择、操作风险、适用场景等方面存在明显差异，具体如下：
技术类型不同：初期主要采用无创胎儿亲子鉴定，孕 6 周后即可进行，通过抽取孕妇静脉血提取胎儿游离 DNA；中期除无创鉴定外，还可选择绒毛活检（孕 11-13 周）和羊水穿刺（孕 16-22 周），后两者为有创操作，需提取绒毛或羊水样本。
样本采集与风险：初期无创鉴定仅需抽血，对孕妇和胎儿无创伤；中期绒毛活检需穿刺取胎盘组织，流产风险 1%-2%；羊水穿刺抽羊水，流产风险 0.5%-1%，且可能引发感染。
准确率与稳定性：两者准确率均达 99.99%，但初期胎儿游离 DNA 浓度较低（孕 6-10 周约 3%-10%），部分机构会建议孕 12 周后检测以提升稳定性；中期羊水和绒毛样本 DNA 含量更充足，检测稳定性更高。
适用场景：初期适合注重、想尽早确认结果的孕妇，尤其适合高龄或有流产史人群；中期有创鉴定多结合产前诊断（如染色体筛查）进行，仅推荐因医学需求需穿刺的情况。