新风系统在工作的时候，出风口因静电原因会吸附大量的灰尘，从而导致管道内堵塞，影响排送风效率。此外，由于风管积尘、管路密封性能下降，也会导致各个风口风量不均、新风效果差，并且还带来了隐患，因此清洗新风管道非常有必要。
运行过程中，新风系统的风口和滤网会因静电吸附空气中的灰尘，久而久之灰尘越积越多，不但降低空气过滤功效，还容易滋生，影响健康及美观。所以，新风系统的风口及过滤网都要利用专用清洁药剂定期清洗，以免灰尘堵塞影响排送风效果。
风管积尘、管路密封性能下降，这会导致各个风口风量不均，影响使用效果。比如 新风机 接线板与电源连线如果长时间使用，会聚积大量灰尘，或者由于新风机的震动导致接线松动，产生隐患。所以新风系统应该定期由专业人员检查，调节风量，排除隐患，保证使用效果。
新风系统的控制面板是比较精密的电器部件，长期使用会吸附灰尘，聚集潮气，容易导致控制面板失灵或元件损坏。而新风系统的管道因新风机震动等原因，使用久了连接处容易开裂，出现漏风现象。出现这种情况也需由专业人员进行检查，及时修补，改善新风运行效果。