发票管理不当
虚开发票或接受虚开发票：
无真实业务却开具发票（虚开），或接受第三方开具的与实际交易不符的发票，可能面临刑事责任（虚开税额超 5 万元可立案追诉）。
发票开具不规范：
未填写购买方纳税人识别号（普票也需填写）；货物名称与税收分类编码不符（如将 “食品” 开成 “办公用品”），导致发票无效。
发票丢失或未认证：
增值税专用发票未在 360 日内认证，无法抵扣进项税额；丢失发票未及时报告税务机关，可能被处以罚款。
财务与税务政策理解偏差
小规模纳税人与一般纳税人政策混淆：
小规模纳税人季度销售额超 45 万元（2023 年起政策可能调整）未足额缴纳增值税；一般纳税人错误享受小规模免税政策。
税收优惠适用错误：
未正确判断企业是否符合小微企业所得税优惠条件（如资产总额、从业人数、应纳税所得额超标），多享受减免税。
股东与公司财务混同
个人与公司账户资金混用：
股东直接从公司账户转账至个人账户用于私人支出，未按 “股息红利所得” 缴纳 20% 个税，可能被认定为抽逃资金或偷税。
股东借款逾期未还：
股东向公司借款超过 1 年未归还，且未用于公司经营，需按 “工资薪金所得” 或 “股息红利所得” 缴税，否则面临补税及罚款。
年报与公示信息错误
工商年报数据失真：
填报的资产总额、负债总额与财务报表不符；未公示股东出资信息或股权变更情况，被列入经营异常名录。
税务年报（汇算清缴）错误：
未调整业务招待费、广告费等纳税差异，导致应纳税所得额计算错误；研发费用加计扣除申报时，凭证不全或科目归集错误。