行账户备案与税务关联
将银行基本户信息报送税务机关备案，并签订 “三方协议”（企业、银行、税务），实现税款自动扣缴，方便纳税申报。
税务登记与税种核定错误
未及时办理税务报到：工商注册后超 30 日未到税务局登记，可能被处以 2000 元以下罚款，情节严重者罚款更高。
税种核定遗漏或错误：
例：未核定印花税（如合同、账本贴花），导致漏缴；或误将小规模纳税人核定为一般纳税人，影响税率适用。
未关联银行三方协议：未签订税务、银行、企业三方协议，无法自动扣缴税款，导致逾期缴费产生滞纳金。
账簿设置与记账不规范
未按规定建账：
小规模纳税人误以为无需建账，仅用流水账代替正规账簿，不符合《税收征收管理法》要求，可能被责令限期改正。
会计科目使用混乱：
例：将 “管理费用” 与 “销售费用” 混淆；股东个人消费计入公司 “差旅费”，导致税务稽查时被认定为偷税。
凭证与票据缺失：
无票支出（如向个人采购未取得发票）直接入账，税前扣除不合规；报销凭证无经办人签字、无附件清单，导致账务真实性存疑。
发票管理不当
虚开发票或接受虚开发票：
无真实业务却开具发票（虚开），或接受第三方开具的与实际交易不符的发票，可能面临刑事责任（虚开税额超 5 万元可立案追诉）。
发票开具不规范：
未填写购买方纳税人识别号（普票也需填写）；货物名称与税收分类编码不符（如将 “食品” 开成 “办公用品”），导致发票无效。
发票丢失或未认证：
增值税专用发票未在 360 日内认证，无法抵扣进项税额；丢失发票未及时报告税务机关，可能被处以罚款。