中央空调停运后，冷却水系统和冷冻水系统的清洗可用采取单台设备清洗方式或全系统清洗方式。但无论是单台设备清洗还是全系统清洗，一般都使用清洗槽和清洗泵将单台设务或原系统(可使用原系统的水泵)构成一个闭合回路进行循环清洗。
清洗一般按下列程序进行。灭藻清洗、碱洗、封存、(中)钝化、碱洗后水冲洗、运行、(中和)预膜、酸洗、漂洗、酸洗后水冲洗、水冲洗(检漏)
中央空调因其强大的功能而日益流行，同时具有冷暖空调功能的同时，还能调节空气。目前选择中央空调的家庭已经有很多，但由于对中央空调不熟悉，很多人还没有注意到它的清洗和保养。中央空调长时间运行，管道、过滤器、换热面表面集聚污物可能会造成"带病工作"，使系统换热效率降低，通风阻力增大，降低空调工作质量，增加不必要能耗，大大提高系统运营成本。
家用中央空调保养的好处：
延长使用寿命
中央空调清洗保养可以使中央空调的灰尘、污垢、水垢等得到有效清除和控制，各部分部件保持清洁，处于热交换状态，减少堵塞，避免故障发生，从而延长其使用寿命。
节省空调能耗
定期对中央空调进行清洗保养，可使空调恢复正常制冷效果，缩短压缩时间，提升运行效果，有效节省能耗。
保证运行
空调线路的老化及电线的连接方法不当是造成家用中央空调事故的隐患，定期的维修保养能限度的排除这些故障隐患所在，让家用中央空调器正常的运行。
有利于家人健康
空调室内机经过1－2年的使用，产生的部分冷凝水会在阴暗潮湿水盘里存留，导致各种病菌的滋生，产生异味，同时粘稠物会堵塞冷凝水排水管，冷凝水就会从滴水盘中溢出，造成天花板泡顶损失。经过清洗保养后的室内机能彻底隔绝，使风机盘管出风口空气清新优质，保障家人的身体健康。
冷水机组的操作分为开机前、启动、 正常运行、 停机四个步骤
开机前
（1）确认机组和控制器的电源已接通。
（2）确认冷却塔风机、冷却水泵、冷水泵均已开启。
（3）确认末端风机盘管机组均已通电开启。
启动
（1）按下键盘上的状态键，然后将键盘下面的机组ON/OFF（开/关）拨动开关切换到接通（ON）的位置。
（2）机组将作一次自检，几秒钟后，一台压缩机启动，待负荷增加后另一台压缩机启动。
（3）一旦机组启动，所有的操作均未自动的。机组根据冷负荷（冷冻水供回水温度）的变化自动启停。
正常运行
（1）机组正常运行，控制器将监控油压、电机电流和系统的其它参数，一旦出现任何风冷式冷水机与水冷式冷水机的问题，控制系统将自动采取相应的措施，保护机组，并将故障信息显示在机组屏幕上。
（2）在每24小时的运行周期内，应有专人以固定的时间间隔性记录机组运行工况。
停机
（1）只要将键盘下面的机组ON/OFF拨动开关切换到断开的位置，就可以使机组停机。
（2）为了防止出现破坏，即使在机组停机时，也不要切断机组的电源。