对受益人的作用：为其提供了一种有效的风险保障机制。在交易或项目中，受益人往往面临着申请人不履行义务的风险，保函的存在使得受益人在申请人违约时能够通过向担保人索赔来获得经济上的补偿，从而保障其合法权益。

对担保人的作用：为其带来业务收入和拓展业务的机会。担保人通过开具保函，向申请人收取一定的担保费用，这是其业务收入的一部分。同时，保函业务的开展可以帮助担保人拓展客户群体，与更多的企业和机构建立业务联系，提升自身的市场竞争力和影响力。

双方意愿：申请人和受益人作为保函的主要利益相关方，若基于自身利益考虑和实际业务情况，经协商达成一致，就可以对保函期限进行调整。例如，申请人希望缩短保函期限以减少担保责任时间，而受益人在评估风险后也同意，那么就可以进行相应调整。

从法律规定角度看

只要预付款保函期限的约定是在法律法规允许的范围内，且是合同双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等违法违规情形，那么保函期限超过预付款使用期限是合法有效的，受到法律的保护。我国《民法典》等相关法律法规尊重当事人的意思自治，允许合同双方根据实际情况协商确定保函期限等条款。