销毁档案的方法：
1.粉碎：通过碎纸机或类似装置使物料破碎成条状或颗粒。
2.消磁：用强磁铁消除磁介质的数据。(专业机构可恢复)。
3.物理破碎：“机械销毁”，不断剪切成越来越小件物品，直到无法识别和成为混合的废料。
4.熔浆再生：将废旧的纸再次熔为纸浆，再造新纸。
档案销毁时需要注意的事项：
1.认真执行档案销毁的原则，坚持档案销毁的标准，按照档案保管期限表规定的标准。
2.档案销毁前，需要经过档案销毁鉴定领导小组对其准备销毁的档案销毁清册，认真核对档案，确认无误，方可进行销毁，并在销毁清册上签名或盖章。
由于多数企业保密意识薄弱，把企业堆积的纸质文件简单处理，卖到废品收购站甚至直接扔到垃圾堆。收集处理废旧纸质文件，可以了解企业很多重要甚至涉密信息。纸质文件蕴含企业商业秘密，需要销毁处理。所以需要经过专业的处理，消除企业堆积的众多纸质文件的泄密隐患，确保商业秘密的。
其他方法：将有害废物放进水泥窑，在1400℃高温下煅烧十多秒钟，分解某些有毒成分。对于剧毒性重金属如镉以及砷等，掺入基体成分如玻璃内，使其成为淋溶率较低的物质。对于各种有机物和农药等有害废渣可用微波分解法处理，即把有害废渣置入反应器通过微波作用，引起电化学反应，将废渣分解。这些方法，都有一定的效果，但受资金、设备等限制，未能大量推广。