三格式化粪池是由三个相互连通的密封粪池组成，粪便由进粪管进入池依此顺流至第三池，其各池的主要原理：
池
主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。
第二池
起进一步发酵、沉淀作用，与池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。
第三池
主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
结构
三格式化粪池厕所结构主要由便池蹲位（或坐便器）、过粪管和贮粪池组成。
1、贮粪池
贮粪池由二根过粪管连通的三个格室的密封池组成。根据其主要功能依次可命名为截留沉淀与发酵池、再次发酵池和贮粪池。三池之间由过粪管连接。有斜插管及倒U形、倒L形管等，但以斜插管为。过粪管采用内径为100～150mmPVC塑料管为宜，也可以用水泥预制、陶管等其它材料、要求内壁光滑。为防止堵塞，考虑粪池的大小与流量，可适当增加过粪管的数量。
2、便器、盖板、清渣口、出粪口
便器一般可采用节水型便器。可以是坐便器也可以是蹲便器。格化粪池盖顶留有进粪口和清渣口，进粪口上安装便器，进粪管可采用内径为150mm的PVC塑料或其它管材，要尽量远离过粪口，并紧贴池壁，以减少水冲力对池内的扰动。在安装便器时可不用水泥固定死，进粪口也可作为清渣口。用防溅式直通便器和水封便器则不必下接进粪管第二池顶应密封，但也要留有清渣口，第三池盖顶留有出粪口，出粪口用盖密封。
3、其它配套物品
洁净卫生纸存放箱，便纸篓、扫帚及刷子，盛水器皿、照明设施、通风设备等。
（1）粪便转运站(场、码头)设施应完好、整洁。转运的粪污水应密闭贮存于贮粪池内。贮粪池应符合防渗漏、防臭气扩散和防蝇的要求，并设置防火、防爆设施。
（2）贮粪池内的粪便应及时转运，不得外溢。
（3）输粪管道应完好、畅通，闸阀应严密，无破损、滴漏。
（4）转运作业时，粪便不得污染水体和作业场地。冲洗作业场地的污水应经适当处理，排入污水管网或收集池，不得直接排入附近水体。
（5） 将人力收集车的粪便转运到机动车时，应保持转运作业的紧密衔接，不得任意将粪罐、粪桶、手推粪车停放在主要道路上。
（6）卸粪时应谨慎操作，不得将粪便泼洒在卸粪口周围地面。作业结束，应及时清洗卸粪口及作业场地。
（7）粪便转运站(场、码头)应有灭蝇措施。在可视范围内，苍蝇不超过3只/次，无蛆，臭味不超过4级。
化粪池清理作业标准
1、化粪池内清理的粪便污水、污渍清运并妥善处理。
2、确保服务范围内所有化粪池粪便污水不外溢。
3、如出现化粪池污水外溢等异常情况， 接到通知后须及时到场处理。
4、在清理化粪池的过程中，应当采取相应的防范措施。