认证申请组织其申请书需请军方用户签署推荐意见并盖章，同时填写《产品所在阶段情况调查表》。如该申请组织是部队，可由上级主管部门签字、盖章。对于民营企业申请军品时，需有军代表的推荐函/意见书，其内容至少包括：人员状况；技术、设备情况；产品质量状况；对配套企业，要注明产品与装备的关系(用在什么地方)；说明生产的产品与军方推荐单位的关系。
认证审核前按GJB9001A－2001标准建立管理体系，并运行3个月以上时间。有军品订货及交付发生，且现场审核时应有军品生产。现场审核时由上述军代表和我中心审核组进行沟通座谈并形成《军代表对受审核方质量体系有效性评价意见》，该评价意见随审核材料报军认委审批。
申请企业必须聘用一定数量的有资质的从业人员，这些从业人员必须符合以下条件：一是必须具有中华人民共和国国籍；二是必须具备完全民事行为能力；三是必须没有犯罪记录并且没有国家失信记录；四是必须具有与所从事业务相适应的工作经验和技能。
GJB9001军工产品质量管理体系，是根据《军工产品质量管理条例》(简称《条例》)的要求，在ISO9001标准的基础上，增加军用产品的特殊要求编制的。军用系列标准的发布和实施，推动了军工产品质量管理体系建设的迅速发展，促进了军用产品质量与可靠性水平的提高。