GMP制药车间净化工程的设计方案应该考虑以下几个方面：
1. 空气质量控制：保证车间的空气质量符合GMP标准，减少或避免可能的交叉感染。
2. 温湿度控制：通过控制车间的温度和湿度，维持合适的生产环境，使药品生产线在恰当的条件下进行。
3. 噪音控制：通过选择合适的净化设备和布置，降低噪音和震动，保证生产员工的工作环境舒适。
4. 行业标准：工程设计应符合国家和行业标准，如《药品生产质量管理规范》(GMP)、国家标准GB 50073等。
建筑布局和装修方案：是洁净实验室-生物实验室运行的基础。由于微生物病菌的危险性，必须防止危险性微生物向外界扩散，地阻断危险性微生物与外部环境的接触途径，同时避免微生物受外界污染，影响实验结果的准确性，必须采取合理的实验室布局和装修方案。实验室布局按照要求合理地划分成清洁区、半污染区和污染区，采用人与物分别设置专用通道，设置必要的缓冲间，采用一次隔离和二次隔离等措施，能有效的避免交叉污染，从根本上防止危险性微生物的扩散;实验室装修采用可靠的材料，合理的施工措施，保证洁净实验室-生物实验室始终处于相对密封的环境，防止微生物的外逸，易于实验室的清洁，同时避免外部对实验室环境的破坏。
控制系统：是整个洁净实验室-生物实验室运行的神经中枢。由于洁净实验室-生物实验室的实验对象是危险性的微生物，出于严格控制污染的原则，它要求以少的维护人员，运用化的管理维护手段，来实时监控每一个实验室中设备所处的物理环境，保证实验室运行过程中始终处于相对负压环境，防止危险性微生物外泄。
培训方案：由于洁净实验室-生物实验室中的实验人员通常都是医学专家，对于实验室整个系统原理不一定十分了解，通过培训方案，让所有实验室工作人员了解整个系统的特点，掌握其运行规律，可以及时发现隐患，并及时做出相应的应急处置，控制住事态的进一步恶化，对减轻后续维修工作的难度是有很大帮助的。