认证部亦以铁道部产品质量监督检验中心为基础，主要包括业务部、标准协调部、检查检验部、检验协调部和申诉监理部。
CRCC实行主任负责制，设有综合业务部、机车车辆事业部、基础设施事业部、城轨装备事业部和申诉监理部等5个专业部门以及相应的后勤保障部门。
为了保证认证机构的公正性，2003年4月成立了铁路产品认证管理委员会，2012年改为“铁路产品认证公正性管理委员会”；2011年10月又成立了“城市轨道交通装备认证工作委员会”。
为确保认证机构的公平性，铁路产品认证管理委员会于2003年4月成立，2012年改为“铁路产品认证公平管理委员会”；“城市轨道交通设备认证工作委员会”成立于2011年10月。