医院建成于1921年，由洛克菲勒基金会创办。建院之初，就志在“建成亚洲的医学中心”。同时，北京协和医院是洛克菲勒基金会在海外单项拨款数目、时间延续长的慈善援助项目 [8] [16]

2019年12月，中国医学科学院在北京发布了《2018年度中国医院科技量值报告》，北京协和医院科技量值排名位列前3位。 [9]

2017年11月11日下午，复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》，北京协和医院名列榜首 [1] 。2020年4月，被列入北京市面向团体和个人提供新冠病毒核酸检测服务医疗机构名单。 [4]

2022年10月8日，北京协和医院缓和医学中心成立。

北京协和医院风湿免疫科是我国早成立风湿病学的专业科室之一，拥有多位全国知名的专家和教授。风湿免疫科是国家教委风湿病专业全国重点学科。风湿免疫科有一大批教授和知名医师活跃在医教研线，构成了风湿免疫科强大的团队，在国内外享有盛誉。

科室现已整体搬至协和医院西院区，有病区2层，床位68张；科内设有常规实验室和科研实验室，可以检测近百种自身抗体，为国内的自身抗体检测中心之一。出诊医师正副教授10余人，主治医师10余人，分别在西院区普通、特需和夜门诊出诊。为全国众多风湿免疫病和疑难重症患者解决疾苦。

2017年11月11日下午，复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》。在入榜的100家医院中，有37个是专科医院，北京协和医院位列。 [1]

2019年11月10日，复旦版《2018年度中国医院排行榜》发布，北京协和居首。 [3]

2021年11月20日，复旦版《2020年度中国医院综合排行榜》正式发布，北京协和医院稳居。