把保函与跟单信用证相比，当事人的权利和义务基本相同，所不同的是跟单信用证要求受益人提交的单据是包括运输单据在内的商业单据，而保函要求的单据实际上是受益人出具的关于委托人违约的声明或证明。这一区别，使两者适用范围有了很大的不同，保函可适用于各种经济交易中，为契约的一方向另一方提供担保。另外，如果委托人没有违约，保函的担保人就不必为承担赔偿责任而付款。而信用证的开证行则必须先行付款。
农民工工资支付保函是一种防止民工工资的清欠和防欠的保障法~以第三方担保的形式来保障民工工资的正常发放，以及顾主破产情况下，可以优先权保护工人因其就业而产生的债权，以使工人能在非优先债权人获得其份额之前，从破产雇主的资产中获得偿付。农民工工资支付保函业务中中承包商通过本公司为其提供农民工工资支付保函担保，保证承包商按工程项目为单位办理如期按时将工资支付给农民工。也可按建筑承包企业为单位提供担保，如果承包商没有如期支付民工工资，担保公司将采取其他方式优先保证农民工利益不受损失。
预付款保函承包人要求银行向业主(发包人) 出具的保证业主所支付的工程预付款用于实施项目的一种信用函件。投标人在中标后签订的合同中规定，承包人委托银行向业主出具的由业主按合同规定向承包人支付一笔工程预付款，及时用于实施项目的保证函件（即A委托B向C作出担保，担保内容是C按合同约定向A支付的预付款确实在用于项目的实施）。担保银行应为业主所接受。如承包人不履约，业主可凭保函向担保银行索赔。
银行履约保函分为两种形式：
1、无条件银行保函；
银行见票即付，不需业主提供任何证据。业主在任何时候提出声明，认为承包商违约，而且提出的索赔日期和金额在保函有效期的限额之内， 银行即无条件履行保证，进行支付，承包商不能要求银行止付。当然业主也要承担由此行动引起的争端、仲裁或法律程序裁决的法律后果。
对银行而言，他们愿意承担这种保函，既不承担风险，又不卷入合同双方的争端。
2、有条件银行保函。
银行在支付之前，业主必须提出理由，指出承包商执行合同失败、不能履行其业务或违约，并由业主或监理工程师出示证据，提供所受损失的计算数据等。
一般来讲，银行不愿意承担这种保函，业主也不喜欢这种保函。