预付款保函主要分为工程履约保函和采购履约保函，
收费由担保费 和可能存在的保证金 两部分组成。
1）按照合同或招标文件中标书准备资料
2）了解反担保保证金比例以及相关费用
3）签订担保合同及申请书、董事会（或股东会）决议等资料
4）等待出函
1、保证金存入担保公司账户，在保函有效期内不可取出的保证金。
因为工程公司有住建部颁发建筑施工资质，能够大致判断申请公司的施工能力，担保公司对工程项目办理履约保函有分类：比如，一级资质免保证金办理保函，无资质需要预存10%-20%的保证金。
而供货类项目没有相关资质能够作证申请公司的经营能力，所以供货类项目很少免保证金办理预付款保函，一般需要预存5-30%的保证金。
2、 担保费，即办理保函的手续费。
办理预付款保函时，影响收费的因素有很多。需要了解：是工程项目，还是供货项目；是工程项目，资质是几级，要求什么格式等。
具体的收费，还是要根据项目的具体情况而定。
办理保函怎么收费？
不同银行的保函、保函金额、开具时间、对保函有无格式要求、项目的风险度、公司有无不良记录等都决定着怎么收您费用的。投标保函一般提供：招标文件、电子版营业执照，就可以给您报价，费用大概在0.1%-0.2%左右，具体要看您提供的资料来确定。
履约保函要提供的资料就多了，有招标文件、中标通知书、资质证书、保函金额、时间等，费用大概在1.5%-5%左右，履约的周期长，所以收费相比投标保函要高，具体的费用就需要您提供资料，公司的风控部门要对您的资料进行审核，然后才能给出准确的报价。
其他的保函，大同小异，都是需要先提供资料，然后才能给出报价，如果电话里就想得到一个报价，那是不现实的，打个电话，告知金额、时间，说实在的，你的项目能不能通过银行的审批都是一个未知数，别说给您报价了，先谈项目，在谈钱，这是正解。
预付款保函办理费用：一般在1%-2%左右，具体费用需要根据保函的金额、时间、对保函格式有无要求和项目的风险以及公司有无不良信用记录等综合得出。
想要清楚具体费用，需要提供如下材料：
1.招标文件
2.中标通知书
3.保函金额、开多久
4.对保函格式有无特殊要求
5.对银行性质有无要求，比如是必须大银行还是村镇银行也可以。
如果您是供货类保函，则不需要提供招标文件，把剩下的三个提供出来，还有就是合同的手写地方拍照发我。
预付款保函的意思是指承包人要求银行向业主(发包人)出具的保证业主所支付的工程预付款用于实施项目的一种信用函件。预付款保函在国际承包业务中使用时，由承包人通过银行向业主提供。保证书规定，如申请人不履行他与受益人订立的合同的义务，不将受益人预付、支付的款项退还或还款给受益人，则由银行向受益人退还该款项。预付款保函在国际承包业务中使用时，是由承包人通过银行向业主提供。保证书规定，如申请人不履行他与受益人订立的合同的义务，不将受益人预付、支付的款项退还或还款给受益人，则由银行向受益人退还该款项。