GMP车间为了防止交叉污染，清扫净化车间设施的工具均应按产品特点、工艺要求、空气洁净度级别的不同分别专用，垃圾装入防尘袋中拿出。
GMP车间的清扫必须在上下班前、生产工艺操作结束后进行；清扫要在净化车间空调系统运行中进行；清扫工作结束后，净化空调系统要继续运行，直到恢复规定的洁净级别为止，开机运行时间一般不短于该GMP车间的自净时间。
使用的剂要定期更换，以防止微生物产生耐药性。大的物件搬进车间时，先要在一般环境中用真空吸尘器进行初步的吸尘净化，然后再准进入净化车间内，用洁净室真空吸尘器或擦拭方法进一步处理；在GMP车间净化系统停止运行期间，不允许把大的物件搬进净化车间。
GMP车间要如何进行设计吗？首先我们想要将洁净厂房进行设计好的话，就需要有一个明确的设计方案，要对我们房间的一个工作性质跟里面的气流条件认真的进行考虑，如果车间的发尘量比较大的话，那么我们不要利用地面送风的这种方式，如果在洁净度方面有比较高的要求，那么是能够尽量的跟其它的车间远离。 我们还需要有一个好的系统设计，通常我们室内的一个空气净化系统是能够进行分为乱流、垂直流以及水平流的，如何对气流形式进行选择的话，我们可以对以前的惯例进行参照以及我们房间里面的工作参数。为了避免出现气流干扰，我们在进行前期设计的时候就应该考虑到，而且一定要谨慎，这样的话就能够避免我们房间的其他地方有出现灰尘积累的情况。我们房间里面的一个洁净度，很大的程度上面是取决我们单位时间的一个换气次数，所以我们一定要对净化系统的一个技术参数做决定。而且我们的房间里面一定要是能够确保为正压的，这样能够避免外面的一些污染气流到我们的室内，所以我们就需要适当的对新鲜空气进行补充。
空气净化是药厂净化车间保证药品生产质量的重要环节，药厂为满足药品生产的特殊要求，需建造能对尘埃、微生物、温湿度等严格控制的净化车间。药厂净化车间系统主要包括室内装修、净化空调、洁净气体、水系统等，其中净化空调系统是药厂净化车间中重要的一个系统，净化空调系统是控制药厂净化车间内尘埃粒子和浓度、防止交叉污染的主要手段。
药厂净化车间净化空调系统的工作原理
净化空调由送风口向药厂净化车间内送入干净空气，车间内产生的尘菌被干净空气稀释后强迫其由回风口进入系统的回风管道，在空调设备的混合段和从室外引入的经过过滤处理的新风混合，再经空调机处理后又送入室内，室内空气如此反复循环，就可在相当一个时期内把污染控制在一个稳定的水平上。
药厂净化车间净化空调系统的设计要点
①污染源的控制：由于气流组织不可避免存在涡流，使得尘粒向室内各个方向扩散的机率增大，因此对存在局部污染源的净化房间，首先考虑对局部污染源进行控制，使局部污染源所散发的污染物质随涡流扩散到整个药厂净化车间的机率大大降低，有利于提髙室内的洁净度级别。
②风机的选择:为保证风机在风压变化较大时，风量不发生太大改变，药厂净化车间一般选用低噪声的风机，其性能曲线尽量用陡降型，而不采用平坦型。
③风机压头的确定：由于过滤器实际运行时的风量都小于额定风量，如果按过滤器初阻力的2倍选取风机，会使开始风机压头过大，风量和风道风速太大，易产生较大噪声，所以当系统阻力可计算时，粗效至髙效过滤器的终阻力可按初阻力分别加50Pa—120Pa的余额来确定。否则按初阻力的2倍加以确定。
④压差控制：为保证药厂净化车间在正常工作或空气平衡暂时受到破坏时，气流能以空气洁净度高的区域流向空气洁净度低的区域，使药厂净化车间的洁净度不会受到污染空气的干扰，故药厂净化车间必须保持一定的压差，这是净化系统设计要求的关键。
净化空调系统相关附件选取的一般原则
(1) 净化空调系统新风管段应设置电动密闭阀、调节阀;送回管段上应设置调节阀、用于调节送入各药厂净化车间的风量，调节回风比及调节净化车间内的正压值;空调机出口处应设置密闭调节阀，用于单台空调机总送风量的调节及并联运行空调机停运时的关闭切断;净化车间的排风系统也应设置调节阀、止回阀或电动密闭阀。
(2) 在净化空调系统中，防火阀是一个非常重要的附件。从角度考虑，该附件可以保证系统在突发事故中能终止事故继续扩大。
净化空调系统在药厂净化车间中占有非常重要的地位，为了确保该系统在生产中稳定运行，应对其进行定期的维护和检测，过滤器运行一段时间后，由于滤饼的形成过滤器阻力会不断增加，当达到一定程度时应对净化空调系统中热、湿处理设备、风机及过滤器进行大修或更换，保证系统终洁净度的要求，生产出合格的药品。