微生物实验室主要是对微生物的分离、培养、育种、鉴别、形态、变异、利用、危害等方面进行实验和研究，食品微生物实验室主要检测项目有：酵母、乳酸菌、双歧杆菌、罐头商业无菌、菌落总数、大肠菌群、霉菌、致病菌（如沙门氏菌、志贺氏菌、溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌等），应该将实验室建在远离生活区，清洁安静的场所；要与生产加工车间较近的距离，方便扦样与检验。
根据中华人民共和国卫生行业标准WS233-2002《微生物和生物医学实验室通用准则》以及国家标准GB19489-2004《实验室生物通用要求》，生物实验室分为一级、二级、三级、四级，习惯上称为P1、P2、P3、P4。二级生物实验室对人体、动植物或环境具有中等危害或具有潜在致病因子，对健康成人、动物和环境不会造成严重危害，具有有效的预防和措施。
1.接种时必须穿工作服、戴工作帽。
2.进行接种食品样品时，必须穿专用的工作服、帽及拖鞋，应放在无菌室缓冲间，工作前经紫外线后使用。
3.接种食品样品时，应在进无菌室前用肥皂洗手，然后用75％酒精棉球将手擦干净。
4.进行接种所用的吸管，平皿及培养基等必须经，打开包装未使用完的器皿，不能放置后再使用，金属用具应高压或用95%酒精点燃烧灼三次后使用。
5.从包装中取出吸管时，吸管尖部不能触及外露部位，使用吸管接种于试管或平皿时，吸管尖不得触及试管或平皿边。
6.接种样品、转种必须在酒精灯前操作，接种或样品时，吸管从包装中取出后及打开试管塞都要通过火焰。
7.接种环和针在接种前应经火焰烧灼全部金属丝，必要时还要烧到环和针与杆的连接处，接种结核菌和烈性菌的接种环应在沸水中煮沸5min，再经火焰烧灼。
8.吸管吸取菌液或样品时，应用相应的橡皮头吸取，不得直接用口吸。
为确保实验室内的气流由“清洁”区域流向“污染”区域，实验室内不应使用双侧均匀分布的排风口布局。不应采用上送上排的通风设计。由生物柜排出的经内部过滤的空气可通过系统的排风管直接排至大气，也可送入建筑物的排风系统。应确保生物柜与排风系统的压力平衡。