在获得了无菌环境和无菌材料后，还要保持无菌状态，才能对某种特定的已知微生物进行研究或利用它们的功能，否则外界的各种微生物很容易混入。外界不相干的微生物混入的现象，在微生物学中叫做污染杂菌。
无菌室应定期用适宜的液清洁，以保证无菌室的洁净度符合要求。 需要带入无菌室使用的仪器，器械，平皿等一切物品，均应包扎严密，并应经过适宜的方法。 工作人员进入无菌室前，必须用肥皂或液洗手，然后在缓冲间更换专用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭双手)，方可进入无菌室进行操作。
准备工作 1． 先进行无菌室空间的，开启紫外灯30—60分钟 2． 检验用的有关器材， 搬入无菌室前必须分别进会 3． 操作人员必须将手清洗，穿戴好无菌工作衣、帽和鞋，才能进入无菌室 4． 进入无菌室后再一次手部，然后才进行检验操作
接种针每次使用前后，必须通过火焰燃烧，待冷却后，方可接种培养物 。带有菌液的吸管、试管等器皿应浸泡在盛有5%的来苏儿溶液的桶内，24h 取出冲洗;培养皿则需在高压器中重新后方可处理营养基，切记不要直接冲入下水道中，防止阻塞。如有菌液洒在桌上或地上，应立即用 5%石碳酸溶液或 3%的来苏儿倾覆在被污染处至少 30min，再做处理，工作衣帽等受到菌液污染时，应立即脱去，高压蒸汽后洗涤 。