性能上，iPhone SE和iPhone 6s在性能上一样强悍，采用64位A9处理器和M9协动处理器，并且同样配备了2G内存。配备了1200万像素摄像头，能够拍摄4K视频，另外新的画面处理器能够让iPhone SE的图片质量更加。图像处理功能略强于iPhone 6s。苹果强调iPhone SE的提升在于电池。

iPhone前面5代系列的机型均使用9厘米（3.5英吋）LCD液晶体多点触控防刮玻璃显示屏，而iPhone5则增至4英吋。“电容式触屏”是专为一指或多指触控而设的多点触控感应。前三个系列的屏幕分辨率为320 x 480 （HVGA），163 ppi；而iPhone 4及iPhone 4S的屏幕分辨率为640 x 960，326 ppi；到了iPhone 5则是640 x 1136，326 ppi，并且iPhone 5的屏幕对比为接近16:9（71:40）。

iPhone的多点触控和手势操控是基于FingerWorks发展的技术，iPhone的触屏具有热感功能，用户可利用手指在触屏上滑动进行手机操作，虽然触控笔可用于iPhone的手指触控屏幕，但大部分的手套和触控笔都能防止必要的导电性。iPhone 3GS后来还有耐指纹疏油涂层，能避免用户的指纹留在iPhone的屏幕上。

iPhone的用户接口上有一个很小的硬件，位于屏幕下方的圆形按钮，称为“Home键”，额外的还有五个。Home键主要用于关闭使用中的应用程序，导航到主屏幕界面，或是唤醒手机。iPhone还有额外5个按钮：开关按钮 - 位于电话的顶部，作为电源按钮，它亦能作为控制来电的控制，当接到来电时，按一次开关按钮可让来电铃声消失，按两次让来电转驳至语言邮箱，长按会显示关机选项，关机后长按会打开手机；位于机身左侧是静音和音量控制键，iPhone 4 拥有两个圆形按键来增加或减少音量，静音键能使电话铃声、提示音、推送通知、相机快门等快速转换为静音，这键不会停止闹铃应用程序，在一些国家或地区，它不会把相机快门声、语音备忘录音等音效关闭。